В состав района входят 14 сельских поселений, объединяющих 21 населённый пункт:

  1. Алтанское сельское поселение — с. Алтан
  2. Билютуйское сельское поселение — с. Билютуй
  3. Верхнеульхунское сельское поселение — с. Верхний Ульхун
  4. Гаваньское сельское поселение — с. Гавань
  5. Кыринское сельское поселение — с. Кыра
  6. Любавинское сельское поселение — с. Любовь
  7. Мангутское сельское поселение — с. Мангут
  8. Михайло-Павловское сельское поселение — с. Михайло-Павловск
  9. Мордойское сельское поселение — с. Мордой
  10. Надёжнинское сельское поселение — с. Надёжный
  11. Тарбальджейский Бурятское сельское поселение — с. Тарбальджей
  12. Хапчерангинское сельское поселение — с. Хапчеранга
  13. Ульхун-Партионское сельское поселение — с. Ульхун-Партия
  14. Шумундинское сельское поселение — с. Шумунда